O životě krokodýlů štítnatých je známo velmi málo, v současnosti chybí nejen uspokojivá data o jejich chování, ale například i informace o jejich početnosti. Ze všech krokodýlů je zdaleka nejméně prozkoumaný. Genetické výzkumy už ukázaly, že ostatním druhům krokodýlů z Afriky je příbuzný jen vzdáleně, proto jen pro něj vědci vytvořili nový rod Mecistops a vedle krokodýlů, gaviálů a aligátorů i zcela samostatnou podčeleď. Je pravděpodobné, že v divočině je kriticky ohrožený vyhubením. Navíc je chová jen hrstka zoologických zahrad, kde je problém velký nedostatek chovných samců. Krokodýl štítnatý v dospělosti loví především ryby, ale jsou známé i případy, kdy strhl chocholatky a další savce při pití. Jde o druh s velmi rozvinutou hlasovou komunikací, jejíž význam není uspokojivě prozkoumaný. Předpokládá se, že samci jsou výrazně samotářští, a tak musejí hlasem označovat teritorium a volat družky. Výzkum i ochrana tohoto druhu v místě přirozeného výskytu jsou složité kvůli nestabilní politické situaci.